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Apache Arrow:驱动列式分析性能和连接性的提升[译]

本文永久链接 – https://tonybai.com/2023/07/01/arrow-columnar-analytics

本文翻译自Voltron Data公司CTO Wes McKinney的文章《Apache Arrow: Driving Columnar Analytics Performance and Connectivity》。这篇文章回顾了现代大数据分析遇到的问题、Arrow项目的起源、生态发展以及对未来的展望。

以下是正文部分。


引言

自MapReduce以来,大数据已经走了很长一段路。Jeffrey Dean和Sanjay Ghemawat在2004年发表于Google的论文催生了Apache Hadoop开源项目,以及一系列其他新项目,这些项目是因大量开发人员有捕获,存储和处理非常大的数据集的需求而创建的。


图:大数据演进的3V(Volume、Variety和Velocity)

虽然像Hadoop这样的第一个MapReduce框架能够处理大型数据集,但它们是为了大规模弹性(通过将每个处理步骤的结果写回分布式存储)而设计的,而并未过多考虑性能。Apache Spark于2010年首次发布,因其基于容错分布式内存处理的新架构而脱颖而出。Spark的核心是用Scala实现的,Scala是Java虚拟机(JVM)的编程语言。Spark为其他编程语言提供了binding实现,例如 C# .NET、Java、Python (PySpark) 和 R(SparkR 和 sparklyr),这有助于Spark在众多编程语言开发者社区的普及使用。


图:数据处理生态系统演进

在过去的十年中,像Python和R这样的解释式编程语言已经不再局限于其在科学计算和学术统计中的利基市场,一跃发展成为现代数据科学,商业分析和AI的主流工具。这些编程语言完全主导了“笔记本电脑规模”的数据处理工作。像Hadoop和Spark这样的大规模数据处理框架为Python等解释型语言提供了编程接口,但与JVM上运行的“本机”接口相比,使用这些语言绑定的性能和资源利用率通常都很差。

解释型语言在使用主流大数据系统时所付出的性能损失主要源于数据互操作性问题。为了将数据从Java应用程序的核心运行时传递给用户的自定义Python函数(“用户定义函数”或“UDF”),必须将数据转换为可以Python所接受的格式,然后再转换为内置的Python对象,如列表、字典或基于数组的对象,如pandas DataFrames。更糟糕的是,许多框架,包括Spark和Hadoop,最初只为用户定义函数提供“一次一值”的执行模型,其中NumPy或pandas等工具则提供了“一次一数组”的执行模型,以避免Python解释器的开销。数据转换和解释器的双重昂贵开销使得Python基于大数据框架进行大规模数据处理变得愈加不现实。

Apache Spark通过引入Spark DataFrames来改善与Python的一些语言互操作性问题,Spark DataFrames是Spark SQL的一种新的类似pandas的API,它无需在Spark运行时和Python之间传输数据。不幸的是,任何需要使用Python的数据科学或机器学习库的应用程序都不走运。这给数据科学家和数据工程师带来了一个艰难的选择:用Python更快地开发,以换取更慢、更昂贵的工作负载,或者用Scala或Java重写关键工作负载。

Apache Arrow项目的起源

Apache Arrow的起源故事有点像微积分的创建:各自独立的开源开发人员团体在2010年代中期的同一时间都有过“尤里卡时刻”(译注:据说阿基米德洗澡时福至心灵,想出了如何测量皇冠体积的方法,因而惊喜地叫出了一声:“Eureka!”)。

2014年底,我加入了Cloudera,开始与分别由Marcel Kornacker和Todd Lipcon领导的Apache Impala和Apache Kudu团队密切合作。我们对在大规模分布式存储和数据处理引擎之上为Python程序员(特别是pandas用户)构建直观和快速的开发人员体验上有一致的兴趣。当时的一个突出的问题是缺乏标准化的、高速的面向列的“数据协议”,以便在引擎和编程语言之间高效地传输数据。我们不想为我们的这个事情创建自定义数据格式,也不想使用像Google的Protocol Buffers或Apache Thrift这样的数据序列化技术,因为这些技术引入了过多的计算开销。我们开始设计一种新的列式数据格式,但我们知道,如果它是一个主要由Cloudera领导的项目,那么在大数据开源项目的高度政治化氛围中,它可能会有失败的风险。

与此同时,Julien Le Dem和Jacques Nadeau,分别是Apache Parquet文件格式和Apache Drill查询引擎的共同创建者,他们正在探索一种方法,将Drill用于查询执行的内存列格式转变为独立的开源项目。这种数据格式被用作Dremio的基础,Dremio是一个基于SQL的开源数据湖引擎,使用它可以使得云中不同存储和数据处理系统之间更快,更高效的进行连接。

值得庆幸的是,Julien、Marcel和Todd在几年前就已经合作设计了Parquet文件格式,所以我们取得了联系并决定共同解决问题,而不是启动单独的、几乎肯定不会兼容的项目。我们举行了一系列快速的面对面会议(现在来看,在2022年那几乎是不可想象的!),我们开始招募其他开源大数据领导者加入我们创建一个新项目,包括 Julian Hyde(Apache Calcite)、Reynold Xin (Apache Spark)、Michael Stack (Apache HBase)等等。

2016年,在将Apache Arrow作为Apache软件基金会的顶级项目推出后,我们一直致力于使Arrow成为需要快速移动和处理数据的数据分析系统的首选项目。从那时起,该项目已成为高效的内存中列式分析和低开销数据传输的事实标准,它支持10多种编程语言。除了提供内存数据格式和互操作性协议外,我们还创建了一个功能全面的模块化计算库工具箱,为下一代分析计算系统打下坚实的基础

在启动Arrow项目仅一年后,与Two Sigma的我的新同事以及IBM的合作者的合作,让我们能够加速PySpark与Arrow的使用,在某些情况下实现了10-100倍的性能提升,并显著改善了将Python和pandas与Apache Spark一起使用的体验。看到我们对更快、更具互操作性的未来的愿景开始逐步实现,这真是令人兴奋。

2018年,我与RStudio和Two Sigma合作成立了Ursa Labs,作为一个非营利性行业联盟,其使命是使Arrow成为下一代数据科学工具的强大计算基础。我参与Arrow的工作,除了解决数据互操作性问题外,还旨在解决现代硬件上的内存管理和内存计算效率问题。我們很幸运地获得了NVIDIA、Intel、G-Research、Bloomberg、ODSC和OneSixtyTwo Technologies的额外赞助。

经过4年多的Apache Arrow开发,我们清楚地认识到,要促使Arrow下一阶段的增长和对企业的影响,仅通过行业赞助还不够,还需要获得更大的资本投资才行。于是在2020年底,我们决定将Ursa Labs团队从RStudio(为Ursa Labs提供了大部分资金和运营支持)中剥离出来,组建一家营利性公司Ursa Computing,并在2020年底筹集了一轮风险投资。不久之后,在2021年初,我们有机会与Arrow上的GPU分析、BlazingSQL和RAPIDS领导层的创新者联手,组建了一家统一的Arrow原生(Arrow-native)计算公司Voltron Data。Ursa Labs已成为Voltron Data Labs,Voltron Data内部的一个团队,其持续的使命是发展和支持Arrow生态系统,同时维护Apache Way的开放和透明的治理模型。

Apache Arrow项目的增长

如今,Arrow开发人员社区已发展到700多人,其中67人拥有提交权限。我们以创建跨语言开放标准和构建模块化软件组件为动力,以降低系统复杂性,同时提高性能和效率。我们一直在考虑将该项目视为一个软件开发工具包,旨在使开发人员能够释放Apache Arrow内存格式的好处,并解决随之而来的一阶和二阶问题(例如从云存储中读取Parquet文件,然后进行一些内存分析处理)。如果没有一个可信的、“自带电池”的软件堆栈来构建支持Arrow的计算应用程序来配合它,Arrow的列式格式本质上只能作为一种替代文件格式。

最近,在将Arrow列式格式和协议稳定用于生产用途后,社区一直专注于提供快速的Arrow原生计算组件。这项工作在C++和Rust社区中最为活跃。使用这些语言的查询引擎项目(DataFusion for Rust 和尚未命名的C++子项目),您可以轻松地将嵌入式Arrow原生列式数据处理特性添加到您的应用程序中。这可能包括您可能使用SQL或数据帧(dataframe)库(如 pandas 或 dplyr)表示的工作负载。新的高性能数据帧库(如Polars)从一开始就被构建为Arrow原生。在Voltron Data,我们正在积极努力使这些功能无缝地提供给Python和R程序员。

让这些项目采用Arrow数据互操作性协议的一个令人信服的理由是,与任何其他使用Arrow的项目可以实现简单快速的连接。早期采用者出于信任并收获了巨大的回报。现在,任何可以读写Arrow的项目都可以通过一个快速路径连接到数据帧库(如 pandas 和 R)和许多机器学习系统(PyTorchTensorFlowHugging Face)。

Arrow的贡献者通过与其他开源项目的密切合作,扩展了项目的能力。最近,与DuckDB实验室合作,使用DuckDB作为嵌入式执行引擎实现了无缝查询。R或Python现在能够使用DuckDB无缝查询其Arrow数据,可以使用类似数据帧的API(如dplyr)或SQL。此集成是经由Arrow的C数据接口实现的。

使数据服务和分布式系统更容易使用Arrow的二进制格式是推动Arrow被更广泛接纳的一个重要工作。由于将Arrow协议与一些通用数据服务框架(如 gRPC 或 Apache Thrift)联合最佳使用需要一些中间件代码,因此社区开发了Flight,这是一个用于Arrow原生数据服务的开发者框架和客户端-服务器协议。Flight提供了用于实现服务器和客户端逻辑的高级库,同时使用行业标准gRPC库进行内部通信。通过在客户端和服务器中使用通用内存格式来消除不必要的数据序列化,用户可以实现以前在独立于语言的协议中无法想象的数据吞吐级别(在某些情况下每秒几千兆字节)。Flight库现在在许多Arrow语言库(C++、Python、R、Java、Rust、Go)中可用,未来肯定会添加更多语言。

数据库是最普遍使用的数据服务之一,ODBC和JDBC等标准数据库接口根本上是为实现互操作性和兼容性而设计,而不是为了速度。因此,Flight带来了两全其美的可能性:互操作性而又不影响性能。但是,作为开发者框架和协议的Flight没有任何关于SQL数据库工作方式的内置概念,包括用户会话、执行查询的生命周期或预处理语句等内容。还有一个风险是,每个数据库系统实现其Flight服务器的方式略有不同,因此用户必须使用不同的Flight客户端来访问每种数据库。为了解决这些问题,包括SQL数据库的客户端/服务器标准化以及与ODBC和JDBC相似的高级功能,Arrow创建了一个称为Flight SQL的Flight应用程序扩展。现在,数据库开发人员可以实现一个通用的Flight SQL服务器,用户将能够使用标准的Flight SQL客户端访问任何启用Flight SQL的数据库。


来源:https://www.dremio.com/subsurface/arrow-flight-sql-a-universal-jdbc-driver

Apache Arrow生态系统的发展和采用

Arrow项目及其生态系统的发展得益于其早期采纳者的成功。总的来说,Arrow已经成为Python用户与以Parquet等文件格式存储的数据集进行交互的标准工具。如上所述,在项目早期,我们与Spark社区合作,使用Arrow更快地将数据传输到pandas来加速PySpark。在这些早期成功案例之后,许多其他项目都采用了Arrow来实现更快的互操作性和内存处理,并删除了以前的定制解决方案。

通过采用Arrow进行数据传输,Streamlit能够删除自定义代码,同时大幅提高应用程序性能。Streamlit的传统序列化框架基于Protocol Buffers,用于将表格数据从Python后端发送到JavaScript前端。通过将自定义序列化程序替换为Arrow,Streamlit的性能提高了15倍,并且能够通过使用现成的解决方案来简化其代码库。


来源: https://blog.streamlit.io/content/images/2021/07/legacy-vs-arrow-2-1.png#shadow

Dremio是从头开始就以Apache Arrow为核心构建的系统。Dremio由Jacques Nadeau共同创立,是一个用于数据湖的分布式查询引擎。Dremio开发了一种基于LLVM的即时表达式编译器,称为Gandiva(现在是Arrow项目的一部分),它可以针对Arrow列式内存的操作生成高效的机器代码。与在JVM中执行的解释表达式相比,这可实现更快的性能。

最近,Databricks发布了Cloud Fetch connector,用于将商业智能工具(如Tableau或Power BI)与存储在云中的数据连接起来。过去,从传统数据仓库检索数据的速度受到了在单个线程上从单个SQL端点提取数据的速度的限制。这限制了交互式数据探索工具的有用性。Cloud Fetch 使用Arrow wire协议从云存储并行流式传输数据,与传统方法相比,性能提高了12倍。

这些只是使用Arrow项目的某些部分来加速数据移动或在内存中处理数据的项目的几个示例。随着越来越多的项目启用Arrow,用户将获得复合效率的优势。例如,在Snowflake实现以Arrow格式从其系统中检索数据后,他们的Python和JDBC客户端的数据检索速度提高了5倍。这不仅使Snowflake查询运行得更快,而且使得与Snowflake集成的产品运行得更快。例如,人工智能驱动的分析平台Tellius能够使用Arrow将他们与Snowflake的集成速度提高3倍,相比于之前的实现。

社区

Apache Arrow的受欢迎程度正在不断增长。事实上,Arrow的Python库PyArrow在2022年1月的下载量为4600w次,这一数字比2021年10月份创造的之前的记录增加了近800w次。我们预计,随着越来越多的项目采用Arrow作为依赖项,这一趋势将继续下去。


资料来源:https://pypistats.org/,沃尔创数据

Arrow为数据传输、对二进制文件(如 Parquet)的高速访问以及快速发展的计算引擎提供了坚实的基础。这需要多年的工作和一个庞大的社区才能实现。在过去的6年里,Arrow开发者社区得到了相当大的发展:自2016年首次发布以来,已有676名独立的开发人员为该项目做出了贡献,其中105名贡献者参与了Arrow 7.0.0版本的开发。

与Apache软件基金会中的所有项目一样,我们遵循Apache Way,这是一个开放透明的开源项目治理框架。项目讨论和决策必须在公开场合进行,例如在邮件列表或GitHub上。贡献者以个人身份参与,而不是作为他们工作的公司的代表。通过公开开展所有项目业务,我们可以保持包容和专业的氛围,欢迎来自世界各地的贡献者的不同观点。Apache Way重视多种贡献:回答用户问题、分类错误报告和编写文档与提出拉取请求一样重要。Arrow项目主要的开发人员邮件列表是dev@arrow.apache.org。

在项目中持续工作一段时间后,贡献者可以通过项目管理委员会(PMC)的投票被提升为“提交者”(对项目git存储库具有写入权限)。表现出致力于发展和指导项目社区的提交者以后可能会被提升加入PMC。PMC成员是项目指导委员会,对项目中的发布和其他重大决策具有约束力的投票权。目前Arrow项目有67个提交者和38个PMC 成员。

未来

随着Arrow开发者社区的发展,项目范围也在扩大。该项目始于六年前,旨在设计一个独立于语言的标准来表示面向列的数据,以及一个二进制协议,用于在应用程序之间移动数据。从那时起,该项目稳步发展,提供了一个自带电池的开发工具箱,以简化构建涉及处理大型数据集的高性能分析应用程序。我们预计Arrow将成为下一代大数据系统的关键组成部分。

我们期望开放标准和接口方面的工作能够继续团结和简化分析计算生态系统。我们参与了Substrait,这是一个新的开源框架,提供标准化的中间查询语言(低于SQL级别),将前端用户界面(如SQL或data frame库)与后端分析计算引擎连接起来。Substrait由Arrow项目联合创始人Jacques Nadeau创立,并且发展迅速。我们认为,有了这个新项目提供的执行引擎支持,编程语言接口与分析性计算将更容易发展。

加入我们!

发展Apache Arrow项目是我们Voltron Data使命的重要组成部分!我们期待继续与社区合作,推动生态系统向前发展。您可以订阅我们的新闻通讯以随时了解情况,并考虑在Twitter上关注我们@voltrondata以获取更多新闻。您还可以探索Voltron Data Enterprise Support订阅选项,这个订阅列表旨在帮助在Apache Arrow生态系统中工作的开发人员和公司。


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Go项目组织:在单一repo中管理多个Go module指南

本文永久链接 – https://tonybai.com/2023/05/10/a-guide-of-managing-multiple-go-modules-in-mono-repo

0. 单repo单module管理回顾

众所周知,Go在1.11版本中引入了go module,随着近几年Go module机制的逐渐成熟,它已经被Go团队确定为Go标准的依赖管理与构建方案,原先的GOPATH mode已经被彻底废弃。

在Go module模式下,最常见的Go项目组织方式就是一个repo(代码仓库)对应一个Go module。repo的根路径中放置go.mod文件,repo的根路径也是module root directory。该Go module下的package的导入路径则由go.mod中的module path以及该package相对于module root directory的路径共同构成。

以“example.com/go”这一module path为例,如果某个package存放在foo/bar下,那么bar下的package的导入路径就是“example.com/go/foo/bar”;如果是v2版本,那么导入路径为“example.com/go/v2/foo/bar”。

在一个repo对应一个Go module的策略下,Go module的版本管理和发布也相对容易,通常我们采用分支方式来进行major号升级(如下图),通过tag来进行版本发布

上图是单repo单module的分支管理方案,两种方案均可。

左侧的方案中:master分支承载v0-v1,每升级一个major号,建立一个vN分支,default分支指向最高major号的分支,方便开发者clone repo时直接拿到最新的代码。

注:左侧方案有一个问题,那就是一旦default分支执行最高major号分支vN,那么你如果要go get master分支的最近更新,需要显式指定master分支,比如: go get example.com/go/foo/bar@master。使用latest或不加任何分支名都无法获取到master上的最新更新。

右侧的方案也是建立vN分支,但不同的是,该方案会将master分支作为active开发分支,也是默认分支并定期将稳定后的feature同步到最高major号分支,这也是我个人比较喜欢的方式。前不久刚刚被官宣为redis官方Go客户端的go-redis采用的就是这个方案(下面是go-redis的vN分支情况):

注:在单一repo中管理一个go module的方法十分成熟了。我在专栏《Go语言第一课》的06和07讲对此做了系统的讲解,感兴趣的小伙伴可以去阅读一下。

有了单repo单module的项目组织方式,就会有单repo多module的组织方式,比如著名的etcd项目,就是在一个repo中管理多个go module的典型例子。

那么为什么要在一个repo中管理多个go module呢?我们继续往下看。

1. 为什么要在一个repo中管理多个Go module

其实这个问题的本质是monorepo与multiple repo之间的“战争”。那么上述问题也就变成了一个monorepo与multiple repo的优劣对比。我个人从未真正使用过monorepo这种所有项目代码都放在一个单一仓库中的组织形式,不过从网上的公开资料来看,monorepo有如下的一些优点:

  • 容易看到

如果你正在做一个调用其他微服务的微服务,你可以看一下代码,了解它是如何工作的,并确定bug是来自你自己的代码还是其他团队的微服务。

  • 代码共享

团队为微服务重复编写代码会产生额外的工作开销。有了monorepo,团队可以更容易地分享代码。

  • 改进协作

有了monorepo,就更容易在各团队之间实现代码和工具的标准化。

  • 标准化

单一代码仓库使得跨团队的代码和工具的标准化更加容易。

  • 可发现性

有了monorepo,更容易找到你需要的代码。

  • 发布管理

单一版本使我们更容易地管理跨多个服务的发布。

  • 更容易重构

重构代码在单版本中更容易,因为所有的代码都在一个地方。

当然,使用单一代码仓库也有一些缺点,这些缺点也足以让很多组织和开发团队对其望而却步:

  • 增加仓库的大小

一个单库通常会比只包含一个项目的版本库大。这可能会导致更长的构建时间和更多的磁盘空间使用。

  • 增加复杂性

单一代码仓库的管理比只包含一个项目的版本库更复杂。这是因为有更多的代码需要跟踪和管理。

  • 增加冲突的风险

当多个开发者在单一仓库中处理相同的代码时,会有更大的冲突风险。这是因为开发人员可能在同一个代码的不同版本上工作。

  • 不能限制访问

monorepo不允许有选择的分享。

  • 陡峭的学习曲线

当新的开发者开始与已经有monorepo的组织合作时,他们通常需要足够长的时间来适应所有紧密耦合的依赖关系。

总的来说,使用monorepo既有优点也有缺点,是否使用monorepo最终还是要取决于项目和团队的具体需求。

不过,monorepo下的多module是实际存在的,并且Google内部就是如此,显然go module也一定要对此做很好的支持的,下面我们就来看看go是如何支持mono repo下的多个go module的。

我们先来看看mono repo下各个go module的导入路径的确定。

2. monorepo中各个go module下的package的导入路径

在前面回顾单repo单module的项目组织方式下,module下的package的导入路径为:module path+package在module root directory下的相对路径。那么monorepo中各个go module下的package的导入路径又是什么呢?

首先monorepo下的各个go module的module root路径并非monorepo的root路径,以下面的结构举例;

example.com
└── go/
    ├── mqtt/
    │   ├── bar/
    │   │   └── go.mod
    │   └── foo/
    │       └── go.mod
    └── vehicle/
        ├── baz/
        │   └── go.mod
        └── zoo/
            └── go.mod

我们看到在example.com这个顶层目录下并没有go module,go modules分布在example.com下的各个子目录中。以mqtt/bar下的go module为例,它的module path应该为repo根路径+bar的相对路径,即example.com/go/mqtt/bar,这样bar下面的package pkg1,它的导入路径就为example.com/go/mqtt/bar/pkg1,如果bar这个go module升级到v2版本,则pkg1的导入路径就会变为example.com/go/mqtt/bar/v2/pkg1。其余的go module下的packge的导入路径以此类推。

3. monorepo下各个go module的版本发布

在单repo单module下,我们通过打vx.y.z标签的方式发布module,但是在monorepo多module下,再在repo上针对repo打整体的、诸如v1.0.1这样的标签就没有太大意义了(当然为了整体管理的需要,依然可以打整体标签,比如像etcd那样打v3.5.8),并且对于monorepo下的多个go module而言,go get也不会识别这种整体标签,那么我们该如何发布monorepo下的go module呢?

其实也很简单,我们为module单独打标签来发布。以上面的example.com/go/mqtt/bar这个module为例,如果我们要为其发布v1.0.0版本,我们需要为example.com这个repo打上tag:go/mqtt/bar/v1.0.0;如果它要发布v1.1.0版本了,我们则需为example.com这个repo打上tag:go/mqtt/bar/v1.1.0。也就是说要发布哪个module,就用module相对于monorepo根的相对路径+版本号作为tag号

4. monorepo下各个go module的major版本变更

了解了上述monorepo下各个go module的版本发布方式后,我们就可以将monorepo下的每个go module像单repo单module那样单独对待了!以example.com/go/mqtt/bar为例,当major版本变更时,我们可以建立类似go/mqtt/bar/v1分支,然后将master分支的go.mod中的module path改为example.com/go/mqtt/bar/v2,这样我们就可以在go/mqtt/bar/v1分支继续维护v1版本的bar module,并打tag:go/mqtt/bar/v1.x.y;在master分支维护v2版本的bar module,并打tag:go/mqtt/bar/v2.x.y。

当然go还支持另外一种major版本的维护方式,那就是通过目录隔离。当major版本要升级为v2时,我们可以在go/mqtt/bar下面建立v2目录(像v2这类目录被称为major version subdirectories),然后在v2目录下维护major为v2的版本,这种方式下你就无需建立vN分支了,可以在master上通过目录隔离的方式同时维护多个major版本。发布时,同样打go/mqtt/bar/v2.x.y标签。这种方式一个最大的好处就是与GOPATH mode可以“无缝衔接”,因为GOPATH mode下,go工具链就是通过路径查找package的。

不过这种major version subdirectories的方式并不常用,即便在开源项目中也是比较少见的。

5. 小结

本文介绍了go module的基础概念,回顾了单repo单module的包管理方法,包括版本发布、major号升级等。接下来,我们介绍了monorepo下管理多个go module的方案,除了在打tag时要注意带上相对路径外,monorepo下module的包管理方法与单repo单module本质上是一致的。

6. 参考资料

  • REPO STYLE WARS: MONO VS MULTI – https://gigamonkeys.com/mono-vs-multi/
  • Mono Repo vs Multi Repo: Deep Dive Into The Neverending Debate – https://speakerdeck.com/lemiorhan/mono-repo-vs-multi-repo-deep-dive-into-the-neverending-debate

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